Departament kontroluje finanse w jednostkach oraz innych podmiotach otrzymujących środki finansowe z budżetu województwa. Współpracuje z zewnętrznymi organami kontroli oraz komisją rewizyjną sejmiku przeprowadzającymi kontrole urzędu i jednostek.

Podczas planowych i pozaplanowych kontroli przekazuje marszałkowi obiektywne i niezależne opinie dotyczące funkcjonowania kontroli zarządczej w formie dokumentacji kontrolnej, w szczególności protokołów z przeprowadzonych kontroli i  wystąpień pokontrolnych.

Realizuje zadania audytu wewnętrznego wg zasad określonych w ustawie o finansach publicznych w urzędzie i w jednostkach, a także w innych podmiotach zobowiązanych poddaniu się audytowi.