Departament uczestniczy w przygotowaniu regionalnego programu operacyjnego, zarządza nim i wdraża. Określa w nim obszary i szczegółowe działania samorządu województwa pomorskiego na rzecz wspierania rozwoju naszego regionu.
Departament prowadzi nabory wniosków o dofinansowanie projektów dotyczących spraw społecznych, tzw. projekty miękkie (ludzie, szkolenia, dokształcanie, przekwalifikowanie zawodowe, walka z bezrobociem), ocenia je, organizuje wybór projektów do dofinansowania, kontroluje ich realizację, a także zleca płatności środków z budżetu środków europejskich na rzecz beneficjentów.
Zapobiega też nadużyciom finansowym i prowadzi działania, by odzyskać kwoty nienależnie wypłacone. DEFS prowadzi działania informacyjne i promocyjne RPO, odpowiada za działania związane z systemami teleinformatycznymi, w tym generatorem wniosków aplikacyjnych.