Zapewnia przestrzeganie przepisów o ochronie informacji niejawnych, dbając o ochronę fizyczną, jak i zapewnienie ochrony systemów teleinformatycznych. Pion Ochrony jest odpowiedzialny za opracowanie i aktualizację planu ochrony informacji niejawnych. Prowadzi również szkolenia pracowników Urzędu związanych z ochroną informacji niejawnych.  Jest także odpowiedzialny za informowanie stosownych służb o przypadkach naruszenia przepisów o ochronie informacji niejawnych.